ดีเอ็นเอส่วนที่ไม่ได้ให้รหัสใด ๆ เรียกว่า noncoding DNA#
Noncoding DNA เป็นดีเอ็นเอที่ไม่ได้มีรหัสที่สร้างโปรตีน สามารถแบ่งได้คร่าว ๆ เป็นสองกลุ่ม คือ
(1) pseudogenes คือยีนที่ทำงานไม่ได้แล้วเนื่องจากเกิด mutations และ
(2) repetitive DNA คือส่วนของดีเอ็นเอที่มีลำดับเบสซ้ำ ๆ กัน
ราว ๆ 75% ของ repetitive DNA ในมนุษย์เป็นดีเอ็นเอที่เรียกว่า transposable elements ซึ่ง transposable elements นี้สามารถย้ายจากจุดหนึ่งไปยังอีกจุดหนึ่งได้ภายในจีโนม โดยในพวก Eukaryotes มี transposable elements ที่แบ่งได้สองแบบตามการเคลื่อนย้าย คือ
(1) transposon แบบนี้ตัวมันเองจะถูกคัดลอกเป็นดีเอ็นเอด้วยเอนไซม์ transposase แล้วชิ้นที่ถูกคัดลอกมาจะเข้าไปแทรกในบริเวณอื่นในจีโนม
(2) retrotransposon ตัวมันจะถูกคัดลอกเป็น RNA ก่อนแล้วใช้เอนไซม์ reverse transcriptase เปลี่ยนอาร์เอ็นเอให้เป็นดีเอ็นเอ แล้วดีเอ้นเอที่ได้นั้นจะเข้าไปแทรกในจีโนมต่อไป
รูปที่ 1 Transposon (ภาพบน) และ retrotransposon (ภาพล่าง)